五指山小型猪PPARγ2基因启动子多态性分析

• 作者: 潘金春 王希龙 闵凡贵
• 来源期刊: 中国比较医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 五指山小型猪 PPARγ2 启动子 单核苷酸多态性 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 21-26
• 页数: 6页
• 分类号: R?33
• 字数: 3456字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7856.2018.09.004

摘要

目的 对五指山小型猪PPARγ2基因启动子调控区域多态性进行分析.方法 根据猪PPARγ2启动子调控区域2200 bp设计5对引物,对57头封闭群五指山小型猪的多态性进行检测,并用多种生物信息学软件对调控区域的启动子、转录因子结合位点、RNA二级结构、CpG岛进行预测分析.结果 筛选到9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,分别是:-1595T/C、-1534G/A、-1262C/A、-1220C/A、-1017A/G、-963A/G、-955G/A、-866A/G、-333G/A.SNPs都没有处在软件识别的启动子区域中,但-333G/A突变位于核心启动子(-656～-23 bp)区域.突变的SNP位点附近转录因子结合位点会发生改变,突变前后RNA二级结构最小自由能发生变化,其结构也发生显著变化.目标序列未找到CpG岛.结论 筛选到的五指山小型猪PPARγ2启动子调控区域SNPs可能对该基因的表达调控产生影响,为进一步研究其功能奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	潘金春		21	150	6.0	11.0
5	闵凡贵		31	157	6.0	11.0
9	王希龙		15	113	5.0	10.0