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意大利蜜蜂工蜂中肠的长链非编码RNA的预测、分析及鉴定
意大利蜜蜂工蜂中肠的长链非编码RNA的预测、分析及鉴定
作者:
付中民
刘思亚
周丁丁
杜宇
熊翠玲
王心蕊
王海朋
耿四海
郑燕珍
郭睿
陈华枝
陈大福
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
意大利蜜蜂
中肠
lncRNA-seq技术
长链非编码RNA
上下游基因
摘要:
[目的]预测、分析和鉴定意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂中肠的长链非编码RNA(lncRNA),探究lncRNA的作用.[方法]结合lncRNA-seq技术和链特异性cDNA建库方法对意大利蜜蜂工蜂中肠进行深度测序;利用Perl脚本对原始数据进行过滤;联用CPC和CNCI软件对测序数据进行lncRNA预测,并比较lncRNA基因与其邻近的蛋白编码基因的结构特征;通过RT-PCR对随机选取的lncRNA进行鉴定;利用相关生物信息学软件对lncRNA、的上下游基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析.[结果]意大利蜜蜂工蜂中肠样品的lncRNA-seq共得到1 956 118 858原始读段,经过滤得到1 946 489 304有效读段,共预测出6 353个lncRNA,它们较蛋白编码基因含有较少的外显子数、较短的转录本长度.通过RT-PCR验证了9个lncRNA的表达.lncRNA的上下游基因富集在42个GO条目和256条代谢通路,进一步分析结果表明这些lncRNA参与调控意大利蜜蜂工蜂中肠的新陈代谢和细胞生命活动等生物学过程.[结论]研究结果丰富了蜜蜂的lncRNA信息,也为阐明lncRNA在意大利蜜蜂工蜂中肠发育及胁迫响应过程中的作用打下了基础.
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文献信息
篇名
意大利蜜蜂工蜂中肠的长链非编码RNA的预测、分析及鉴定
来源期刊
应用昆虫学报
学科
关键词
意大利蜜蜂
中肠
lncRNA-seq技术
长链非编码RNA
上下游基因
年,卷(期)
2018,(6)
所属期刊栏目
传粉昆虫专栏
研究方向
页码范围
1034-1044
页数
11页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.7679/j.issn.2095-1353.2018.125
五维指标
传播情况
被引次数趋势
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引文网络
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节点文献
意大利蜜蜂
中肠
lncRNA-seq技术
长链非编码RNA
上下游基因
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
应用昆虫学报
主办单位:
中国昆虫学会
中国科学院动物研究所
出版周期:
双月刊
ISSN:
0452-8255
CN:
11-6020/Q
开本:
16开
出版地:
北京朝阳区北辰西路1号院5号中科院动物所
邮发代号:
2-151
创刊时间:
1955
语种:
chi
出版文献量(篇)
4128
总下载数(次)
7
总被引数(次)
49122
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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