基于RAD测序的枸杞SNP分布特征分析

• 作者: 樊光辉 王占林 虞杭
• 来源期刊: 农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 枸杞 SNPS RAD标记 高通量测序
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 页码范围: 699-704
• 页数: 6页
• 分类号: S15

摘要

利用illumina hiseq2500平台,对枸杞进行了RAD测序并对其SNPs的数目和分布特征进行了分析和比较。测序后共得到5,780,671,000 bp的高质量数据,经过组装后得到平均长度为295 bp的contig 880,315个。采用软件进行SNP的检测后得到721,813个SNPs。其中转换替换共有454,827个,占总数的63.01%,颠换共有266,986个,占总数的36.98%,转换和颠换的比例Ts/Tv为1.70。所有的替换类型中A/G占的比例最高,为31.69%,其余类型所占的比例依次为C/T (31.32%), A/C (10.78%), G/T (10.75%), A/T(10.27%)和C/G (5.18%)。