樟树叶绿体基因组密码子偏好性分析

• 作者: 伍艳芳 桂丽静 秦政 谢谷艾 郑永杰
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 生物学
• 关键词: 樟树 叶绿体基因组 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 植物生理与分子生物学
• 页码范围: 1346-1355
• 页数: 10页
• 分类号: Q943.2
• 字数: 4963字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201805023

摘要

为分析樟树(Cinnamomum camphora)叶绿体基因组密码子偏好性使用模式,该研究利用CodonW、EMBOSS、R语言等软件和程序,对53条樟树叶绿体基因组密码子使用模式及偏好性进行了系统分析.结果表明:樟树叶绿体基因的有效密码子数(ENC)在36.82～59.30之间,表明密码子的偏好性较弱.相对同义密码子使用度(RSCU)分析发现RSCU>1的密码子有32个,其中28个以A、U结尾,表明第3位密码子偏好使用A和U碱基.中性绘图分析发现GC3与GC12的相关性不显著,回归曲线斜率为0.049,说明密码子偏好性主要受到自然选择的影响.ENC?plot分析发现大部分基因落在曲线的下方,同样表明选择是影响密码子偏好性的主要因素.该研究发现共有9个密码子(UUU、CUU、UCA、ACA、UAU、AAU、GAU、UGA、GGA)被鉴定为樟树叶绿体基因组的最优密码子.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	伍艳芳	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	18	149	6.0	12.0
2	郑永杰	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	8	15	3.0	3.0
3	谢谷艾	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	11	11	2.0	3.0
4	桂丽静	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	8	19	3.0	4.0
5	秦政	江西农业大学林学院	5	10	2.0	3.0