龙眼顶芽转录组简单重复序列(SSR)标记信息分析及分子标记开发

• 作者: 李建光 潘学文 王静 郭栋梁 韩冬梅
• 来源期刊: 植物生理学报
• 关键词: 龙眼 转录组 SSR
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 863-871
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13592/j.cnki.ppj.2018.0030

摘要

随着新一代测序技术的发展,大量的转录组数据和表达序列标签(EST)成为开发简单重复序列(SSR)标记的可利用资源.本研究利用MISA软件筛选龙眼(Dimocarpus longan)顶芽转录组数据库序列,从114 445条龙眼转录组unigene序列中发现11 546个SSR位点,SSR出现频率为10.09％.其中1 975条unigene含有两个或两个以上EST-SSR位点,占所有SSR位点的比例为17.10％,SSR出现的平均距离为7.52 kb.从龙眼转录组SSR核苷酸基序类型来看,二核苷酸(52.11％)和三核苷酸(46.15％)出现频率最高,占所有核苷酸出现频率的99.26％.在龙眼转录组SSR中二核苷酸重复基元出现频率最高的是AG/CT(4 250个,占36.81％),三核苷酸重复基元出现频率最高的是AAG/CTT(1 109个,占9.61％).对含SSR位点的9 571条unigene序列进行引物设计,共设计出了8 347对SSR位点特异引物.随机挑选合成50对EST-SSR引物,以‘石硖’、‘储良’、‘古山2号’、‘立冬本’等四份龙眼材料的基因组DNA为模板对这批引物进行PCR扩增、筛选,结果表明,其中21对引物能产生理想的PCR产物,有效扩增率为42％;16对引物扩增条带具有多态性,占有效引物的76.2％;16对多态性引物共扩增获得50个条带,其中多态性片段21个,每对引物平均产生1.31个多态性片段.