基于宏基因组方法分析养猪发酵床微生物组季节性变化

• 作者: 刘波 张海峰 朱育菁 王阶平 陈倩倩
• 来源期刊: 农业环境科学学报
• 关键词: 微生物发酵床 细菌多样性 高通量测序 功能预测
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 畜禽环境
• 页码范围: 1240-1247
• 页数: 8页
• 分类号: X712
• 语种: 中文
• DOI: 10.11654/jaes.2017-1330

摘要

为揭示夏季和冬季微生物发酵床的细菌群落结构,明确季节性温度下发酵床垫料细菌群落的变化,探究发酵床有机物降解菌的多样性,基于宏基因组方法分析发酵床微生物组季节性变化.提取垫料宏基因组DNA,扩增原核生物16S rDNA基因V3-V4区,采用Illumina进行高通量测序;构建热图,分析两个季节微生物的演替;RDA(冗余分析)法研究垫料菌群与季节性温度之间关系;通过PICRUSt比较了两个季节细菌的代谢水平.测序共获得762923条序列,包括34门、70纲、260科、1843类OTUs.夏季和冬季的细菌群落结构不同,前者有更为丰富的细菌类群.两个季节的微生物发酵床优势菌为拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和放线菌门.在门水平,夏季样本中的放线菌门和异常球菌-栖热菌门的含量高于冬季样本;后者的拟杆菌门和变形菌门含量高于前者.夏季有机物降解菌主要为特吕珀菌属和漠河菌属,冬季主要为假单胞菌属和硫假单胞菌,分别适应高温和低温环境.PICRUSt分析显示夏季发酵床中细菌代谢碳水化合物、脂类和氨基酸代谢基因数目高于冬季.研究表明,温度是影响微生物发酵床细菌群落的重要因素,夏季微生物发酵床细菌群落具有更高的丰富度和多样性,代谢水平也高于冬季垫料.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘波	福建省农业科学院农业生物资源研究所	496	4446	29.0	44.0
2	朱育菁	福建省农业科学院农业生物资源研究所	235	1678	21.0	29.0
3	陈倩倩	福建省农业科学院农业生物资源研究所	34	112	6.0	7.0
4	张海峰	福建省农业科学院农业生物资源研究所	35	151	7.0	11.0
5	王阶平	福建省农业科学院农业生物资源研究所	32	115	6.0	8.0