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国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP芯片检测及遗传分析
国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP芯片检测及遗传分析
作者:
GaoGuangtu
PaltiYniv
徐鹏
杨世勇
白庆利
蒋立坤
许建
赵紫霞
陈葆华
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
虹鳟
SNP芯片
遗传多态性
群体结构
摘要:
本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估.利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟,共获得有效SNP位点50201个,在中国虹鳟中的多态比例达到97.7%,表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计,但对中国群体同样具有良好的适用性.各群体最小等位基因频率均值为0.240~0.267,与国外主流养殖群体相近,黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北京虹鳟群体内遗传多样性丰富,多态位点比例为83.6%~84.9%,与国外主流养殖群体相近,而黑龙江金鳟、四川金鳟和北京金鳟,多态位点比例相对较低,在60.2%~76.9% 范围内.应用6个中国虹鳟群体和2个美国虹鳟群体数据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE分析,结果显示8个群体可分为3个祖源类群,其中3个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群,黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群,而四川虹鳟与2个美国虹鳟群体为一个类群,部分中国养殖群体中有显著离群个体存在,表明群体遗传背景不均一.本研究表明,高密度SNP芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景,能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种工作提供基因组水平的参考信息.
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SNP
KASP
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核心引物
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虹鳟
遗传结构
遗传多样性
RAPD
6个线粒体DNA SNP的微测序技术检测及群体遗传学研究
单核苷酸多态性(SNP)
线粒体DNA
复合扩增
微测序
毛细管电泳
内容分析
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文献信息
篇名
国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP芯片检测及遗传分析
来源期刊
中国水产科学
学科
农学
关键词
虹鳟
SNP芯片
遗传多态性
群体结构
年,卷(期)
2018,(3)
所属期刊栏目
研究论文
研究方向
页码范围
485-493
页数
9页
分类号
S917
字数
5709字
语种
中文
DOI
10.3724/SP.J.1118.2018.17340
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期刊影响力
中国水产科学
主办单位:
中国水产科学研究院
中国水产学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1005-8737
CN:
11-3446/S
开本:
大16开
出版地:
北京市永定路南青塔村150号
邮发代号:
18-250
创刊时间:
1994
语种:
chi
出版文献量(篇)
3187
总下载数(次)
1
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