利用黄秋葵转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析

• 作者: 刘建汀 张前荣 朱海生 李永平 温庆放 陈敏氡
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 黄秋葵 转录组 SSR 多态性
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 579-590
• 页数: 12页
• 分类号: S649
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0848

摘要

通过对黄秋葵(Hibiscus esculentus L.)转录组信息分析,共获得74 600条unigene,全部序列有52 976 011 bp;有3 191条unigene包含SSR的序列,从中鉴定出3 448个SSR位点,其中有235条序列包含1个以上SSR,复合SSR有123个.优势重复基序为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR的60.79％和21.43％.二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的11.02％,三核苷酸重复基元以AGA/TCT为主,占总位点的19.61％.利用Primer 3.0共设计出8 088对SSR引物.从87对有效扩增引物中随机选择60对用于32份黄秋葵种质的多态性验证分析,其中36对(占60％)引物表现稳定可重复的多态性.利用UPGMA作图,将32份供试材料分为2类.利用黄秋葵转录组数据进行SSR标记开发,能获得较高频率的SSR位点,且类型丰富,为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择.