换锦花EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

• 作者: 石艳 童再康 高燕会
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 换锦花 转录组 EST-SSR 多态性 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1089-1096
• 页数: 8页
• 字数: 4315字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2018.06.1089

摘要

为开发换锦花EST-SSR标记和分析其遗传多样性,本研究利用MISA软件对换锦花转录组信息进行SSR位点检测,再利用Primer3.0设计引物,经PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物的有效性和多态性,并绘制换锦花种质资源的聚类图.结果表明,共检测到9 918个SSR位点,发生频率为18.59％,分布距离为3.729 kb;SSR位点重复单元为1～3个碱基,其中,单碱基重复＞三碱基重复＞二碱基重复,分别占SSR总数的61.08％、23.22％和14.23％,四碱基及以上重复单元相对较少.共设计出9 302对SSR引物,随机选取并合成278对引物进行PCR扩增,能够清晰扩增出的引物有185对(66.55％),在石蒜属的七个种中具有多态性的有59对(31.89％),其中11对(18.64％)能够在浙江和江苏种群的30份换锦花种质资源表现出丰富的多态性.综上,本研究开发的EST-SSR标记具有丰富的多态性,在换锦花以及石蒜属植物的遗传多样性分析、杂交种鉴定及遗传图谱的构建应用中具有重要意义.