美国西部不同地区Grayia spinosa核DNA ITS序列分析

• 作者: 周璇 成彩霞 苏雪 高婷
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 生物学
• 关键词: Grayia spinosa ITS序列变异 二级结构 藜科
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 植物系统与进化
• 页码范围: 617-625
• 页数: 9页
• 分类号: Q949.745.1
• 字数: 4933字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201711036

摘要

藜科植物Grayia spinosa是美国西部地区的特有种,多生长在干旱盐碱地,具有重要的生态价值.该研究测定了采自美国西部犹他州G. spinosa 的nrDNA ITS序列,与GenBank中已提交的G. spinosa 的所有ITS序列以及G. spinosa的四个近缘种作为外类群进行比较,分析了美国西部不同地区G. spinosa ITS序列的一级结构与其RNA二级结构的变异规律.结果表明:所有G. spinosa样品的nrDNA ITS序列长度在611~623 bp之间,GC含量在60.35%~61.0%之间,序列间共存在22个变异位点,5个为简约信息位点.各样品间的遗传距离在0.0018~0.0089之间,不同样品间的遗传距离与地理距离的相关性不显著.邻接法构建的系统发育树显示所有G. spinosa聚为一大支,与外类群形成明显分支.此外,利用RNAfold在线软件预测了G. spinosa ITS序列的RNA二级结构,将8个G. spinosa样品的RNA二级结构根据构型差异大体上分为四类,分别记为type A,B,C和D四类,主要变异出现在ITS1和ITS2区.所不同的是在G. spinosa ITS的一级结构分析中GSNE1与GSWA8体现出更近的亲缘关系,但二者的 RNA二级结构差异明显,同时 GSNE2、GSUT3、GSUT4、GSCA5、GSCA6、GSCO7在ITS序列一级结构分析中也体现出较近的亲缘关系,但是他们的RNA二级结构差异明显.这可能与ITS序列的RNA二级结构在进化中体现出更大的保守性有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	苏雪	西北师范大学生命科学学院	57	513	14.0	19.0
2	高婷	西北师范大学生命科学学院	9	18	3.0	4.0
3	周璇	西北师范大学生命科学学院	8	14	2.0	3.0
4	成彩霞	西北师范大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0