基于RNA-seq数据的窄足真蚋SSR分子标记开发

• 作者: 张树田 王刚 郭欢 黄敏
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 窄足真蚋 RNA-seq数据 微卫星DNA SSR分子标记 多态性
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 生理与生化
• 页码范围: 815-824
• 页数: 10页
• 分类号: Q969
• 语种: 中文
• DOI: 10.16380/j.kcxb.2018.07.008

摘要

[目的]窄足真蚋Simulium (Eusimulium) angustipes属嗜血蚋种, 并传播禽类疾病.本研究旨在通过RNA-seq技术获得窄足真蚋的转录组数据, 进而开发其微卫星标记, 为窄足真蚋的种群遗传学研究提供可靠的分子标记.[方法]以采自陕西宝鸡和新疆阿勒泰地区的窄足真蚋幼虫为材料, 构建转录组数据库.使用软件MISA (microsatellite identification tool) 搜索窄足真蚋unigenes库中的所有SSR位点, 并随机挑选SSR位点, 利用软件Primer Premier 5.0和Oligo 6.7设计微卫星引物.经PCR扩增和电泳检测, 用Cervus 3.0.7等生物信息学软件进行统计分析, 筛选多态性微卫星引物.利用Blast X比对Nr和Swiss-Prot蛋白质数据库, 对含多态性SSR位点的unigenes进行功能注释.[结果]共鉴定出29 471个SSRs.最丰富的重复基序是单核苷酸重复类型, 占总SSR数的87.05％;其次是三核苷酸重复类型, 占7.95％.共发现34种碱基重复基序, 主要是A/T基序重复, 占86.93％.15对微卫星引物均成功扩增出特异性产物, 含12对具多态性的微卫星分子标记.比对结果显示, 7个SSR位点来自注释基因序列.[结论]基于RNA-seq二代测序技术可实现窄足真蚋SSR分子标记的高效率开发, 对窄足真蚋的种群遗传学研究具有重要意义.