紫楠转录组EST-SSR标记开发及通用性分析

• 作者: 张俊红 杨安娜 楼炉焕 童再康 陆云峰 黄华宏
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 紫楠 转录组 EST-SSR 通用性
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 研究资源与技术改进
• 页码范围: 1014-1024
• 页数: 11页
• 分类号: S722.3+3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.06.012

摘要

紫楠(Phoebe sheareri)是商品材金丝楠木的原植物种之一,现存野生资源日益减少,为了进一步掌握其遗传多样性和遗传结构特征,大规模开发该种表达序列标签-简单重复序列(expressed sequence tag-simple sequence repeat,EST-SSR)标记迫在眉睫.本研究首次进行紫楠转录组高通量测序,挖掘SSR位点和开发EST-SSR标记,并进行引物的初步验证以及在楠属植物的通用性检测.结果显示,通过Illumina Hiseq 2500测序共获得43 781条Unigene,应用MISA软件鉴定了6 958个SSR位点,分布频率为15.89％,平均每5.31 kb出现1个SSR位点.紫楠SSR位点共包括340种重复基元,以二、三核苷酸为主,其优势重复基元分别为AG/CT(23.99％)和AAG/CCT(12.81％).基于不同重复基元类型设计合成了94对SSR引物,以10份紫楠及同属4种楠木的基因组DNA为模板对其有效性及通用性进行初步验证,筛选出具有清晰扩增产物的引物41对,其中32对具有多态性,其平均等位基因数2.75个,观察杂合度(heterozygosity,Ho)、期望杂合度(heterozygosity,He)、多态信息含量(polymorphism information content,PIC)分别为0.369、0.563和0.541,且在同属材料中通用性较高.紫楠转录组测序获得的Unigene可作为SSR标记开发的有效来源,所获得的EST-SSR引物可为紫楠及楠属其他树种的遗传结构分析、种质资源利用及遗传图谱构建提供有效的分子标记.