牛樟EST-SSR标记的开发及遗传多态性分析

• 作者: 刘黎卿 孟红岩 林志楷 林文珍 郭莺
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 牛樟 EST-SSR 标记开发 遗传多态性
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 1561-1569
• 页数: 9页
• 分类号: Q949.747.5
• 字数: 5543字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2018.08.014

摘要

本研究通过测序牛樟叶片cDNA获得17 046条Uni-EST,从中检测出1 316个SSR位点,平均每25.7 kbEST含1个SSR位点.功能注释发现1 242条SSR-EST中有690条可被划分为3大功能类、18个功能亚类.牛樟EST-SSR二核苷酸重复类型出现频率最高,三核苷酸次之.184类重复基序中AG/CT出现频率最高(32.4％),其次为AAG/CTT(9.3％).从1 242条SSR-EST设计SSR引物537对,随机选取150对检测牛樟的多态性及在香樟、大叶樟和沉水樟中的可转移性.结果表明,有44对引物在牛樟中得到特异性扩增,其中17对具有多态性,检测出的等位基因数2～7个,平均3.02个.牛樟SSR标记在香樟、沉水樟和大叶樟的可转移率分别为97.7％、97.7％和95.3％.聚类分析表明,在遗传相似系数为0.76处,14个樟属植物能被划分为5类,聚类结果与植物学分类结果基本吻合.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭莺		18	63	5.0	6.0
2	孟红岩		5	15	2.0	3.0
3	林文珍		4	13	2.0	3.0
4	刘黎卿		12	60	5.0	7.0
5	林志楷		13	56	5.0	7.0