基于高通量多组学数据分析ESYT3在乳腺癌中的表达及临床意义

• 作者: 孙海燕 庄莹 张虎 杜欣娜 樊伟平 赵小芳
• 来源期刊: 临床检验杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 乳腺癌 扩展突触结合蛋白3 预后 拷贝数变化 甲基化
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 肿瘤的分子诊断
• 页码范围: 579-582
• 页数: 4页
• 分类号: R446|R737.9
• 字数: 2696字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13602/j.cnki.jcls.2018.08.05

摘要

目的 基于高通量数据库分析扩展突触结合蛋白3(ESYT3)在乳腺癌中的表达及临床意义.方法 使用TCGA数据库和基因表达数据库(GEO)的门户网站(cBioPortal和Oncomine)以及癌症多组学和临床数据库LinkedOmics分析ESYT3在乳腺癌中的变化及其与临床预后的关系;分别采用Kaplan-Meier法分析ESYT3变异与乳腺癌患者生存之间的关系,非参数检验分析正常乳腺组织和浸润性乳腺癌组织中ESYT3的表达差异,Spearman非参数检验分析浸润性乳腺癌中ESYT3 mRNA水平与临床各指标的相关性以及基因拷贝数变化和甲基化水平对mRNA表达的影响.结果 cBioPortal分析结果显示1098例浸润性乳腺癌患者中,122例发生了ESYT3 mRNA的改变(包括突变、拷贝数变化和mRNA水平上调),其中,ESYT3 mRNA水平上调超过默认阈值(EXP≥2)的占10％,且不利于患者预后(P<0.05);Oncomine分析结果显示,浸润性乳腺癌组织中ESYT3 mRNA水平明显高于癌旁组织(P<0.01);LinkedOmics分析结果显示,浸润性乳腺癌中ESYT3 mRNA水平分别受雌激素受体、孕激素受体、PAM50分型、组织学类型、年龄以及肿瘤纯度的影响(P<0.01);ESYT3 mRNA水平与其基因拷贝数呈正相关(P<0.01),而与其DNA甲基化呈负相关(P<0.01).结论 ESYT3拷贝数增加和低甲基化促进其表达,且ESYT3高表达不利于乳腺癌患者预后,可作为预后的候选标志物.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	樊伟平	江苏医药职业学院基础部	10	7	2.0	2.0
2	孙海燕	江苏医药职业学院护理学院	13	19	3.0	3.0
3	张虎	江苏医药职业学院基础部	10	8	2.0	2.0
4	庄莹	江苏医药职业学院基础部	10	8	2.0	2.0
5	赵小芳	江苏医药职业学院基础部	11	7	2.0	2.0
6	杜欣娜	盐城市第一人民医院病理科	4	7	2.0	2.0