PPI网络比对用于植物乳杆菌的糖代谢研究

• 作者: 丁彦蕊 苗孟君
• 来源期刊: 计算机工程与应用
• 学科: 工学
• 关键词: PPI网络比对 植物乳杆菌WCFS1和JDM1 糖代谢功能模块
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 理论与研发
• 页码范围: 49-54
• 页数: 6页
• 分类号: TP399
• 字数: 5799字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.1611-0279

摘要

蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI网络)比对是预测蛋白质相互作用,分析不同物种之间功能差异的重要手段.为研究植物乳杆菌WCFS1和JDM1糖代谢功能模块差异,采用Evolutionary Graph Edit Distance Algorithm算法对两者的糖酵解、戊糖磷酸途径、柠檬酸循环三个模块PPI网络进行比对.实验表明,两者的三个模块边正确性分别达到93.6%、96%、100%,表明其拓扑结构极其相似,戊糖磷酸途径中,WCFS1存在蛋白质2-keto-3-deoxygluconate kinase(kdgK),但JDM1中没有kdgK,却有其产物2-keto-3-deoxy-6-phospho-gluconate aldolase(JDM1_0578).糖酵解模块中,推测蛋白质pyruvate dehydrogenase complex,E2 component(pdhC)与pyruvate kinase(pyk)具有相互作用.实验表明,PPI网络比对可以阐明两者糖代谢PPI网络的拓扑相似性及模块差异,预测蛋白质之间的相互作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	丁彦蕊	江南大学数字媒体学院	51	266	9.0	14.0
2	苗孟君	江南大学物联网工程学院	1	0	0.0	0.0