青梗花椰菜和白梗花椰菜转录组分析

• 作者: 刘建汀 朱海生 李大忠 李永平 林珲 温庆放 薛珠政
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 花椰菜 转录组 测序 基因分析 功能注释
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1708-1720
• 页数: 13页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2018.09.1708

摘要

为探讨花椰菜花梗颜色的遗传基础,采用高通量测序技术(IlluminaHiSeq 4000)对青梗和白梗花椰菜进行转录组测序,共获得52 253 822个序列读取片段(reads),对测序的结果从头组装获得66 450个单基因(Unigene),N50为1 285 bp,平均长度为717.40 bp.转录物注释结果显示,45 390个基因有同源比对信息;21 060个基因无匹配序列信息,可能为花椰菜特异的基因序列.对所得差异基因(DEGS)进行不同数据库注释,GO注释到2 540个DEGS,分为细胞组分、分子功能及生物学过程3大类54个功能组;COG注释到的753个Unigene功能系统分为24类;以KEGG数据库为参考,将946个DEGS定位到1 19个代谢途径分支,注释到6个差异基因与类胡萝卜合成途径有关,9个DEGS与类黄酮生物合成途径有关,1个DEGS与叶绿素代谢相关,且与花椰菜的花梗颜色形成密切相关.16个差异基因通过qRT-PCR验证,结果与RNA-Seq测序结果一致.本研究结果进一步揭示花椰菜花梗颜色的形成机理,为花椰菜品种遗传改良奠定了一定的理论基础.