苹果茎沟病毒吉林沙果分离物全基因组序列分析

• 作者: 任芳 张双纳 张尊平 李正男 胡国君 范旭东 董雅凤
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苹果 苹果茎沟病毒 基因组 系统发育 一致性 重组
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 641-649
• 页数: 9页
• 分类号: S661.1
• 字数: 4987字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0578

摘要

通过RT-PCR结合RACE技术扩增到苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)吉林沙果分离物(ASGV-JLSG)全长基因组(登录号:FM616381),共含有6 496个核苷酸(nt),编码两个彼此重叠的开放阅读框(Open reading frame,ORF).ORF1(37 ～ 6 354 nt)编码1个241 kD的多聚蛋白,含有甲基转移酶(Methyltransferase)、木瓜蛋白酶(Papain-like-protease)、解旋酶(Nucleotide triphosphate-binding helicase)、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)和C端的外壳蛋白(Coat protein,CP)等结构域.ORF2(4 788 ～ 5 750 nt)编码1个36 kD的运动蛋白(Movement protein,MP).ASGV-JLSG分离物与GenBank公布的29个ASGV分离物全基因核苷酸序列一致性为79.20％ ～ 86.60％.系统发育分析结果表明,30个ASGV分离物分成2个组,分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律.重组分析发现,ASGV-JLSG分离物是苹果茎沟病毒黄花梨分离物(ASGV-HH, JN701424)和柑橘碎叶病毒满头红分离物(CTLV-MTHK,C588948)的重组体.本研究中获得的ASGV-JLSG分离物基因组是来源于中国东北地区的首个ASGV基因组序列.