牦牛新鲜囊胚与玻璃化冻融囊胚转录组的比较分析

• 作者: 字向东 杨绕芬 杨远潇 王琴 蒲思颖 郑杰
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牦牛 体外受精 囊胚 玻璃化冷冻 转录组测序
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 生物技术与繁殖
• 页码范围: 709-717
• 页数: 9页
• 分类号: S823.8+5.2
• 字数: 5956字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2018.04.007

摘要

旨在探讨牦牛在囊胚玻璃化冷冻前后转录组差异表达,明确玻璃化冷冻对牦牛囊胚基因表达谱的影响.采用体外受精生产的牦牛新鲜囊胚和玻璃化冻融囊胚为研究对象,分别提取总RNA,使用Smart-seq2方法进行扩增、构建文库、转录组测序(RNA-seq),以|log2(冻胚/鲜胚)|≥1和Q＜0.05为阈值筛选差异表达基因(DEG),并对DEGs进行GO功能富集和KEGG分析.结果表明,冷冻前后牦牛囊胚中分别检测到9 827和13 567个转录本.在两个文库共筛选出11 174个DEGs,其中有7 037个在冻融囊胚上调,4 137个下调.有10 538个DEGs显著富集(P＜0.05)到479条GO terms上,共涉及318条通路,其中真核生物的核糖体合成、剪接体和神经活性配体-受体互作等8条通路显著富集(P＜0.05).本研究利用RNA-seq技术分析了牦牛囊胚在玻璃化冷冻前后转录组变化,为探讨牦牛囊胚冷冻损伤机制及进一步完善冷冻方法提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	字向东	西南民族大学生命科学与技术学院	81	350	9.0	15.0
2	蒲思颖	西南民族大学生命科学与技术学院	5	10	2.0	3.0
3	郑杰	西南民族大学生命科学与技术学院	5	13	3.0	3.0
4	杨远潇	西南民族大学生命科学与技术学院	6	9	2.0	3.0
5	王琴	西南民族大学生命科学与技术学院	9	11	2.0	3.0
6	杨绕芬	西南民族大学生命科学与技术学院	3	9	2.0	3.0