胡椒瘟病生防菌Bacillus subtilis VD18R19全基因组测序及比较基因组学分析

• 作者: 刘爱勤 孙世伟 孟倩倩 桑利伟 王政 苟亚峰 高圣风
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 枯草芽孢杆菌 全基因组测序 比较基因组学 抑菌物质 基因簇
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 植物病理、作物病虫害及其防治
• 页码范围: 2021-2027
• 页数: 7页
• 分类号: S435.73
• 字数: 4735字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2018.10.019

摘要

Bacillus subtilis VD18R19具有促进胡椒生长和防治胡椒瘟病的效果,全基因组测序是其分子机理研究和开发利用的重要基础.本研究采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术,对生防菌VD18R19进行全基因组测序,并进行比较基因组学分析.结果发现,VD18R19全基因组大小为4123380 bp,GC含量为43.80％,编码基因4245个;含有tRNA 85个、rRNA 30个、sRNA 33个;含有串联重复序列60个,其中小卫星DNA 43个、微卫星DNA 1个;共线性分析、core-pan基因分析及基因家族分析结果均显示VD18R19与模式菌株B.subtilis 168具有高度的同源性;antiSMASH软件预测及同源序列比对结果显示,VD18R19菌株中含有6个抑菌次生代谢产物合成基因簇,编码surfactin、plipastatin、bacillibactin、bacilysin、bacillaene、subtilosin A等抑菌物质,其合成途径涵盖了核糖体途径、非核糖体途径和聚酮合酶途径.本研究为深入研究生防菌VD18R19的分子机理奠定生物信息学基础,有利于生防菌株及其抑菌次生代谢产物的开发和利用.