羊口疮病毒安徽株VIR基因克隆与生物信息学分析

• 作者: 俞赵荣 刘自敏 张学琪 张谦 张高峰 彭开松 李永东 杨侃侃 王元红 王勇 鲁智敏
• 来源期刊: 中国微生态学杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 羊口疮病毒 VIR基因 克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2018,（12）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1365-1370
• 页数: 6页
• 分类号: S858.27
• 语种: 中文
• DOI: 10.13381/j.cnki.cjm.201812001

摘要

目的 获取并分析ORFV AH-F10株VIR基因序列及预测其编码蛋白的生物信息学特点.方法 利用实验室保存的羊口疮AH-F10株,设计VIR基因引物并进行PCR扩增、克隆及序列测定,同时利用生物信息学方法对其编码的蛋白的理化性质、二级结构、三级结构、信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域以及线性细胞表位进行预测.结果 AH-F10-VIR基因长552 bp,编码183个氨基酸,与Nantou株的VIR基因同源性最高,核苷酸同源性高达99.6％,氨基酸同源性为100.0％.生物信息学分析结果显示编码的蛋白相对分子量为19.88 kDa,等电点为4.83,为亲水性蛋白;α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和延伸链分别占36.07％、3.83％、43.17％和16.94％;三级结构预测显示VIR蛋白存在较多的α-螺旋与无规则卷曲,同二级结构预测结果相符;含有17个磷酸化位点,无信号肽和跨膜结构区域,有15个潜在的B细胞优势表位,4个CTL细胞表位以及5个Th细胞表位.结论 成功克隆了羊口疮安徽株VIR基因并预测了VIR蛋白的生物信息学相关信息,为进一步研究VIR蛋白奠定了基础.