普通油茶叶绿体基因组密码子偏好性分析

• 作者: 农有良 刘海龙 吴双成 吴红英 杨利平 王华宇 王鹏良 肖玉菲 覃子海
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 生物学
• 关键词: 普通油茶 叶绿体 密码子偏好 ENC RSCU
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 重要/特色植物遗传资源及其种质创新(专栏)
• 页码范围: 135-144
• 页数: 10页
• 分类号: Q943.2
• 字数: 4089字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201708001

摘要

为了利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶的重要经济性状,该研究以普通油茶叶绿体全基因组序列为材料,从中筛选出51条长度大于300 bp且以ATG起始的非重复CDS(Coding DNA Sequence)为对象,利用CodonW软件分析其密码子偏好性.结果表明:密码子第三位 GC 含量为27.55%,ENC 范围在35.23~56.67之间,平均值为46.09;RSCU值大于1.00的密码子数目为30个,其中29个第三位碱基以U或A结尾;中性绘图表明GC12与GC3的相关系数为0.143,相关性不显著,回归系数为0.0573;频数分布显示, 55%基因的ENC比值集中分布在0~0.1,25%基因的ENC比值分布在0.1~0.2之间;对应分析结果表明,第一向量轴占10.12%的差异,第二向量轴占9.36%的差异,其余两轴分别占7.97%和7.46%,前4轴累计差异为34.91%.中性绘图、ENC?plot和对应性分析均表明普通油茶叶绿体基因密码子偏好受突变作用,更多受选择的影响.最终取高表达优越密码子和高频密码子共有的 CUU、AUU、GUU、GUA、UAA、CAA、AAA、GAC、GAA、CCU、ACU、GCU、GCA、UGU、CGU、AGU、UUG、GGU等18个密码子作为最优密码子.该研究结果为利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶重要经济性状奠定了基础.