舌鳞状细胞癌相关差异基因的生物信息学及预后分析

• 作者: 朱斌 颜孟雄 高桂林
• 来源期刊: 临床口腔医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 舌鳞状细胞癌 生物信息学 差异表达基因 预后
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 145-149
• 页数: 5页
• 分类号: R739.8|R78
• 字数: 3276字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-1634.2018.03.005

摘要

目的:通过生物信息学方法利用GEO(gene expression omnibus)和TCGA(The cancer genome atlas)数据库分析舌鳞状细胞癌(tongue squamous cell carcinoma,TSCC)发生、发展的相关分子标志物及其预后.方法:从NCBI (美国国立生物技术信息中心)的GEO数据库下载相关芯片数据(GSE78060),运用GEO2 R进行差异表达基因筛选,GO及KEGG对差异表达基因进行相关功能及通路富集分析,同时使用STRING及Cytoscape软件构建相互作用网络,筛选出核心基因(Hub gene),结合TCGA数据库附带的临床信息对Hub gene进行预后分析.结果:筛选出筛选出861个差异基因,其中上调342个,下调519个.GO、KEGG分析及蛋白相互作用网络筛选出现VEGFA、ITGA3、COL1 A1、COL17 A1为Hub gene.生存分析显示高表达VEGFA、ITGA3是预后的危险因素.结论:VEGFA、ITGA3可以作为TSCC发生、发展的相关生物标志物,与TSCC患者预后相关,为TSCC的进一步研究提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高桂林	恩施土家族苗族自治州中心医院口腔诊疗中心	3	7	2.0	2.0
2	朱斌	恩施土家族苗族自治州中心医院口腔诊疗中心	1	3	1.0	1.0
3	颜孟雄	恩施土家族苗族自治州中心医院口腔诊疗中心	3	7	2.0	2.0