肉鸡肌肉与脂肪组织基因组差异剪接基因分析

• 作者: 孙艳发 张敏 张茂 李焰 李虹仪 王杰 许卫华 钟礼鹏 黄其春
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 肉鸡 可变剪接 差异剪接基因 RNA-seq
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 2124-2132
• 页数: 9页
• 分类号: S831.2
• 字数: 5877字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2018.10.008

摘要

旨在鉴定和分析肉鸡肌肉和脂肪组织基因组差异剪接基因(differential splicing gene,DSG).本研究采用Illumina Hiseq 2500测序平台对AA肉鸡胸肌和腹部脂肪组织各3个样品进行转录组测序,使用rMATS软件检测样品中可变剪接事件(alternative splicing,AS)和组织间的DSG,并对DSG进行GO功能富集和KEGG通路分析.结果表明,在肉鸡肌肉和脂肪组织中分别检测到(5 966.00±111.66)和(6 757.00±156.51)个可变剪接事件(P=0.002).5种可变剪接类型中以外显子跳跃(skipped exon,SE)为主,分别占肌肉和脂肪组织中可变剪接事件总数量的54.92％和52.67％.肌肉和脂肪组织基因组间检测到513个显著的DSGs.GO基因富集分析发现,93个DSGs显著富集于细胞组分和分子功能中.信号通路分析发现,31个DSGs富集在肌动蛋白细胞骨架调节、焦点粘连、丙酮酸代谢和细胞内吞作用信号通路中,其中14个DSGs在肌肉和脂肪组织基因组中的表达水平未发生显著变化.本研究通过对肉鸡肌肉和脂肪组织基因组中DSG的鉴定与分析,为研究可变剪接及其调控机制、组织间差异剪接的多样性提供理论依据.