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水稻苗期低温应答转录组分析
水稻苗期低温应答转录组分析
作者:
何沈雨
张忠臣
曲悦
朱琳
杨玲
王剑
王思宇
王珊
袁梦
金正勋
高红秀
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
水稻
苗期
低温
转录组
摘要:
温度对水稻生长发育及产量建成很重要,为了进一步明确低温应答对水稻苗期生长发育的调节机制,以粳稻品种中花-11为试验材料,在17℃低温处理的条件下,利用新一代高通量测序手段-转录组测序(RNA-Seq)开展水稻苗期低温应答转录组分析.通过转录组分析,分别获得干净的高通量序列为46384074条和52483052条,鉴定并筛选出2044个差异表达基因,其中,1252个基因表达上调,792个基因表达下调;GO注释分析将全部的差异基因分为分子功能、生物学过程和细胞组分三大类,各自占比为63.29%,8.81%,27.90%.利用KEGG数据库具体分析低温调节的2个通路光合作用通路和苯丙氨酸代谢通路中差异表达基因的数量及位置,并进一步预测了新基因的功能及与光合作用和苯丙氨酸代谢相关基因的互作蛋白基因.结果表明,低温胁迫对水稻的影响主要体现在生物学过程中,在光合作用、次生代谢的生物合成和苯丙氨酸代谢均有明显作用.另外,差异表达的WRKY转录因子为耐冷机制进一步研究提供方向与依据.
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叶绿素含量
抗寒性
种质资源
基于比较转录组的水稻苗期耐冷相关基因BGIOSGA032296 TALEN基因组编辑技术构建
比较转录组
东乡野生稻
TALEN基因组编辑技术
内容分析
文献信息
引文网络
相关学者/机构
相关基金
期刊文献
内容分析
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关键词热度
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文献信息
篇名
水稻苗期低温应答转录组分析
来源期刊
华北农学报
学科
农学
关键词
水稻
苗期
低温
转录组
年,卷(期)
2018,(5)
所属期刊栏目
研究方向
页码范围
40-51
页数
12页
分类号
Q78|S511.03
字数
7647字
语种
中文
DOI
10.7668/hbnxb.2018.05.006
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华北农学报
主办单位:
河北
北京
天津
山西
河南
内蒙古六省市农科院农学会
出版周期:
双月刊
ISSN:
1000-7091
CN:
13-1101/S
开本:
大16开
出版地:
石家庄市和平西路598号
邮发代号:
18-10
创刊时间:
1986
语种:
chi
出版文献量(篇)
6276
总下载数(次)
4
总被引数(次)
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华北农学报1999
华北农学报1998
华北农学报2018年第z1期
华北农学报2018年第6期
华北农学报2018年第5期
华北农学报2018年第4期
华北农学报2018年第3期
华北农学报2018年第2期
华北农学报2018年第1期
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