基于mRNA和miRNA表达谱及基因甲基化谱的直肠腺癌发生相关分子标志物的研究

• 作者: 华扬 李鹏 石洋 秦海
• 来源期刊: 天津医药
• 关键词: 直肠肿瘤 腺癌 微RNAs RNA,信使 DNA甲基化 基因表达谱 计算生物学
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 细胞与分子生物学
• 页码范围: 504-508,封2
• 页数: 6页
• 分类号: R735.37
• 语种: 中文
• DOI: 10.11958/20171099

摘要

目的 通过综合分析高通量miRNA/mRNA的表达数据及DNA甲基化数据,研究直肠腺癌(READ)潜在的发病机制.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载miRNA/mRNA表达数据及DNA甲基化数据.利用DESeq2软件包筛选差异表达的miRNA(DEmiRNAs)、mRNA(DEmRNAs),利用COHCAP软件包筛选差异甲基化位点(DMSs).采用生物信息学方法分别构建DEmiRNAs与DEmRNAs的调控网络和DNA甲基化与DEmRNAs调控网络,获得DEmiRNAs与DEmRNAs负调控关系对(DEmiRNA-DEmRNA),以及DNA甲基化与DEmRNAs的负调控关系对(DNAmethylation-DEmRNA).利用KEGG分析得到异常甲基化的DEmRNAs富集的通路.最后通过实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证其中差异显著的DEmRNAs的表达水平.结果 在数据中筛选到了1192个DEmRNAs, 27个DEmiRNAs,通过靶基因筛选,获得1987个miRNA-mRNA调控关系对.得到446个甲基化异常的基因,6403个异常甲基化的CpG位点.通过对446个异常甲基化基因和668个DEmRNAs的关联性分析,发现50个DEmRNAs (39个下调和11个上调)伴有高甲基化,同时受到DEmiRNAs的负调控.这50个DEmRNAs显著富集于cAMP、昼夜节律和谷氨酸等信号通路.qRT-PCR结果显示DEmRNAs表达结果与预测结果一致.结论 受到DEmiRNAs负调控的7个高甲基化基因(SORCS1、PDZRN4、LONRF2、CNGA3、HAND2、RSPO2和GNAO1)可能促进了READ的发生.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	秦海		16	44	3.0	5.0
3	石洋	天津市人民医院肛肠科	15	67	5.0	7.0
4	华扬	天津市人民医院肛肠科	9	18	2.0	4.0
5	李鹏	天津市人民医院肛肠科	10	87	4.0	9.0