基于分布式假设的弱监督蛋白质交互关系识别

• 作者: 毛宇薇 牛耘
• 来源期刊: 计算机技术与发展
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质交互 分布式假设 弱监督算法 关系相似性
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 所属期刊栏目: 智能、算法、系统工程
• 页码范围: 34-37
• 页数: 4页
• 分类号: TP301
• 字数: 3484字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-629X.2018.09.008

摘要

蛋白质交互(protein-protein interaction)是生物医学领域一项重要的研究内容,目前由生物医学进行的PPI实验结果主要以文献的形式存储,随着生物医学文献的大量增加,以手工收集信息的方式已经难以满足实际需求.对此,提出一种基于分布式假设的弱监督蛋白质交互识别方法.首先,从描述蛋白质交互关系的上下文中提取表达语义关系的词汇模式,以少量有交互关系的蛋白质对构成初始种子集,基于分布式假设理论,根据词汇模式在种子集中的分布构建向量空间模型.然后依据相似性对词汇模式进行聚类,形成具有语义相似性的模式簇,利用这些簇在语料中找到新的具有相似分布的模式加入候选集.最后对候选集里的蛋白质对及其模式进行评估,挑选出满足条件的蛋白质对加入种子集进行迭代,最终得到有交互关系的蛋白质对.相比于现有方法,该方法考虑了上下文的语义相关性,实验结果表明,该方法以很小的种子集规模取得了较高的精确度与召回率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	牛耘	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	24	86	5.0	8.0
2	毛宇薇	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	2	0	0.0	0.0