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摘要:
为了保护和利用蓝塘猪种质资源,采用Illumina CAUPorince 50K SNP芯片对139头蓝塘猪进行遗传群体结构分析.结果显示,SNP芯片基因型分型的平均检出率高达98.24%,表明该芯片适合应用于中国地方猪.蓝塘猪的平均遗传距离值为0.3326±0.0339,主成分分析和G矩阵结果表明部分种猪之间亲缘关系较近.139头蓝塘猪种猪可以分成5个家系,分别为家系A、B、C、D和E,其中家系A、B、C和D均有种公猪.蓝塘猪的Y染色体共有两种单倍型,其中家系A和B属于单倍型A,家系C和D属于单倍型B.在蓝塘猪中共检测到l 680个ROH片段,10~20 Mb长度的ROH数量最多、占44.52%,平均每个蓝塘猪的ROH数量为12.09(±5.90)个,平均总长度为246.90(±170.93) Mb.通过SNP芯片,从遗传水平反映了一个蓝塘猪种群的群体结构,为地方猪种的保种、开发与利用提供了有力工具.
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文献信息
篇名 基于SNP芯片分析的蓝塘猪遗传群体结构
来源期刊 广东农业科学 学科 农学
关键词 蓝塘猪 SNP芯片 群体结构 ROH 近交
年,卷(期) 2018,(6) 所属期刊栏目 畜牧兽医·水产养殖
研究方向 页码范围 110-115,封3
页数 7页 分类号 S813.9
字数 4438字 语种 中文
DOI 10.16768/j.issn.1004-874X.2018.06.018
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群体结构
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期刊影响力
广东农业科学
月刊
1004-874X
44-1267/S
大16开
广州市五山广东省农科院内
46-43
1965
chi
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