2株兔出血症病毒全基因测定与遗传进化分析

• 作者: 冷依伊 周丽军 姚学萍 张鹏飞 杨泽晓 王印 罗怡琳 耿毅 蒙正群
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 兔出血症病毒 全基因 序列 遗传进化
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 畜牧兽医·水产养殖
• 页码范围: 854-861
• 页数: 8页
• 分类号: S858.291.265
• 字数: 3913字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2018.04.020

摘要

对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析.按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到pMD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照GenBank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析.结果显示,SCH04基因组全长7439 bp,Sch07基因组全长7438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8％,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3％～97.0％;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7％,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2％.进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近.VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析.