牛流行热病毒分离株HN1/2012的全基因组序列测定及演化分析

• 作者: 殷宏 独军政 王积栋 田占成 郑福英 高闪电
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牛流行热病毒 全基因组序列 演化分析
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 预防兽医
• 页码范围: 2223-2231
• 页数: 9页
• 分类号: S852.659.5
• 字数: 5448字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2018.10.018

摘要

旨在解析我国牛流行热病毒(BEFV)分离株HN1/2012的基因组特征,为阐明我国BEFV毒株的演化规律提供数据.根据GenBank中收录的BEFV毒株的全基因组信息,设计引物,以RT-PCR扩增11段相互部分重叠的DNA片段,克隆至pGEM T-easy载体,分别进行测序,利用DNAStar软件进行序列拼接获得HN1/2012株的全基因组序列.根据BEFV编码基因的转录起始(TI)和转录终止/多聚腺苷酸化(TTP)序列分析获得各基因序列及其开放阅读框(ORF),与参考毒株比对序列相似性,并以G基因序列构建系统发生树,分析其遗传演化关系.结果显示:HN1/2012株基因组全长为14 899 nt,包含前导序列(50 nt)、N基因(1 328 nt)、P基因(858 nt)、M基因(691 nt)、G基因(1 896 nt)、GNs基因(1 785 nt)、α1α2基因(638 nt)、β基因(459 nt)、γ基因(400 nt)、L基因(6 470 nt)和尾随序列(70 nt).病毒9个基因分别由26、43、47、53、37、39、30、-21 nt的基因间隔区(IGR)连接.在全基因组水平,HN1/2012株与我国2002年浙江分离株JT02L的相似性最高,但G基因与同期分离株LYC11、LS11相似性最高.重组分析表明HN1/2012株未发生基因重组.HN1/2012株的演化可能与免疫选择压力导致的基因突变有关.本研究测定了HNI/2012株的基因组序列,为我国BEFV分离株的全基因组分子演化研究奠定了基础.