白羊草转录组和差异性表达分析

• 作者: 任彬琳 刘建宁 吴欣明 张燕 方志红 李莲芬 池惠武 王运琦 石永红 董宽虎 贾会丽 郭璞
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 白羊草 转录组 RNA测序 表达分析 差异性表达基因 代谢通路
• 年，卷（期）: 2018,（35）
• 所属期刊栏目: 畜牧·动物医学·蚕·蜂
• 页码范围: 111-119
• 页数: 9页
• 分类号: S81-05
• 语种: 中文

摘要

为了获得白羊草(Bothriochloa ischaemum)转录组数据库和差异表达基因,通过Illumina HiSeq 4000高通量测序技术对白羊草对照组和干旱胁迫组进行转录组测序.经组装分析共获得118580条Unigenes;将所得到的Unigenes与基因库数据进行比较,对Unigenes进行功能注释,共50070条Unigenes 获得功能注释.白羊草转录组中的Unigenes根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类共54个分支.通过将所有Unigenes与KOG数据库比对,共有1586条Unigenes可归为25类.以KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支.通过差异性分析发现,差异性表达基因共3987条,其中上调基因占39.45％,下调基因占60.55％.本研究为白羊草分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据库资源.