储存红细胞ATP代谢circRNA筛选及功能预测

• 作者: 张怡宇 李楠 李秋娴 苑召虎 魏亚明 黄建云 黄慧瑛
• 来源期刊: 中国输血杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 储存红细胞ATP酶 环状RNA 小分子RNA cAMP MRP4 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 基础医学与实验研究
• 页码范围: 332-338
• 页数: 7页
• 分类号: Q522|Q524+.3|R457.1+3
• 语种: 中文
• DOI: 10.13303/j.cjbt.issn.1004-549x.2018.04.003

摘要

目的 筛选4℃储存前、后期红细胞差异表达的circRNA并初步预测其功能.方法 采集健康无偿献血者5(人)份血样200 mL/份,制备成悬浮红细胞,滤除白细胞后(悬浮滤白红细胞)分为3组:4℃储存0、20及40 d组,对3组标本用第2代高通量测序技术检测,根据FDR＜0.05且｜log2FC｜＞1这2个条件,以火山图和表达模式聚类分析筛选出差异基因并用cytoscape作出mRNA—circRNA—miRNA网络图;通过KEGG和GO分析筛选出与ATP代谢相关的circRNA验证;最后通过生信软件预测hsa_circ_0007470—hsa-miR-155-5p—MRP4的分子结合具体区域及生物学功能.结果 红细胞储存20d较0d时差异表达的circRNA有119个,40d较20 d时差异表达的circRNA有110个,2个储存阶段都有差异表达的circRNA共有41个.KEGG和GO分析显示在差异表达的circRNA中hsa_circ_0007470的亲本基因MRP4富集于cAMP代谢通路.mireap、miranda、targetscan、circBase、miRBase、mirTarBase软件分析及序列比对显示hsa_circ_00007470可与hsa-miR-155-5p结合;hsa-miR-155-5p可与MRP4结合.经PCR验证,红细胞储存在0、20、40d时,hsa_circ_00007470、MRP4、hsa-miR-155-5p的变化倍数分别为1.00±0.02、1.36±0.09、0.53±0.16,1.00±0.01、1.87±0.48、0.45±0.20,1.00±0.02、0.43±0.20、0.98±0.29.红细胞储存0、20、40 d时,总ATPase(U/gHb)分别是40.87±5.883、18.300±2.847、10.21±1.636;ATP (U/gHb)分别是8.708± 1.25、3.082±0.166、2.462±0.252.结论 储存红细胞中存在circRNA,且含量会随储存时间发生改变,储存20 d后红细胞的hsa_circ_00007470与ATPase及ATP表达呈同向相关性,hsa_circ_00007470或许能解除hsa-miR-155-5p对MRP4的抑制作用,通过ATP代谢途径改善红细胞变形能力.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	苑召虎	广州医科大学附属市一人民医院输血科	6	7	2.0	2.0
2	魏亚明	广州医科大学附属市一人民医院输血科	10	37	4.0	6.0
3	李楠	广州医科大学附属市一人民医院输血科	12	4	1.0	1.0
4	黄建云	广州医科大学附属市一人民医院输血科	2	1	1.0	1.0
5	张怡宇	广州医科大学附属市一人民医院输血科	2	1	1.0	1.0
6	李秋娴		6	15	2.0	3.0
7	黄慧瑛	广州医科大学附属市一人民医院输血科	1	1	1.0	1.0