甘薯二倍体近缘野生种三裂叶薯MYB转录因子全基因组分析及逆境胁迫响应

• 作者: 刘世芳 刘霞宇 李润植 焦晋华 王婷 石晓雯 贺立恒 贾小云
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 三裂叶薯 MYB转录因子 基因组鉴定 逆境胁迫 表达分析
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1338-1348
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2018.07.1338

摘要

MYB是真核生物中一类重要的转录因子,参与调控植物生长发育、初生次生代谢和生物或非生物胁迫响应.为全面解析甘薯基因组MYB转录因子信息,本研究基于甘薯二倍体近缘野生种三裂叶薯的全基因组测序数据,利用多种生物学软件和在线工具对三裂叶薯MYB转录因子的结构域、基因结构、保守基序、染色体定位和系统进化等进行鉴定和分析.利用qRT-PCR检测其中10个R2R3-MYB基因在干旱和盐胁迫下的表达情况.结果表明,在三裂叶薯的全基因组中共鉴定出不均匀分布于15条染色体的160个ItbMYB基因,其中第7号染色体上分布最多(21个基因),第8号染色体上分布最少(6个基因).根据MYB结构域所含MYB重复个数,1 60个ItbMYB家族转录因子被分为4类,其中1R类包含36个基因、R2R3类120个基因、3R类4个基因、4R类1个基因.系统进化分析显示,1 60个ItbMYB聚为18个亚家族,且同一亚家族的ItbMYB转录因子的motif类型和数目相似,但所含外显子和内含子的数目不同.根据拟南芥R2R3-MYB转录因子的分类标准,进一步将三裂叶薯R2R3-MYB类分为30个亚类.qRT-PCR检测结果表明,R2R3-MYB响应干旱和盐胁迫,且不同胁迫时间下不同组织中的表达量存在差异.本试验为进一步研究甘薯MYB转录因子的功能奠定了一定的理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李润植	山西农业大学生命科学学院	56	301	9.0	16.0
2	贾小云	山西农业大学生命科学学院	14	89	4.0	9.0
3	贺立恒	山西农业大学生命科学学院	9	42	4.0	6.0
4	王婷	山西农业大学生命科学学院	20	42	4.0	6.0
5	刘霞宇	山西农业大学生命科学学院	7	18	3.0	4.0
6	石晓雯	山西农业大学生命科学学院	2	5	1.0	2.0
7	刘世芳	山西农业大学生命科学学院	4	5	1.0	2.0