基于SLAF-seq技术的树莓SNP位点开发

• 作者: 孙兰英 李鹏举 杨光 段亚东
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 树莓 SLAF-seq 高通量测序 分子标记 SNP位点
• 年，卷（期）: 2018,（36）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 58-64
• 页数: 7页
• 分类号: S663.2
• 语种: 中文

摘要

为分析树莓群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记.选用23个栽培种树莓以用SLAF-seq技术测序,从树莓全基因组范围开发SNP位点,以黑树莓基因组为参考基因组,通过生物信息学分析进行电子酶切预测,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库.通过高通量测序的方式获得海量序列标签,利用软件分析比对,获得多态性SLAF标签,进而开发大量特异性SNP位点.对照水稻的测序数据与参考基因组比对结果,双端比对效率为95.60％,酶切效率为93.52％,说明SLAF建库正常.通过测序共产生59.93 Mb的读长数据,测序质量值Q30平均为95.07％,所有样品GC含量均值为39.16％,GC含量普遍不高,说明达到测序要求.本研究共获得425402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121610个.获得749811个有效单核苷酸多态(SNP),利用这些SNP分析了23个树莓种质的群体结构与系统发生树.利用简化基因组测序技术SLAF-seq可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记.