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摘要:
乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征.采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53% 以上.将测序数据进行de novo拼接后得到127988条转录本和46950条unigene,平均长度分别为1327.71 bp和856.26 bp.以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1296个差异表达基因.对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1156个差异表达基因被注释,其中1150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路.
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文献信息
篇名 转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
来源期刊 中国蔬菜 学科
关键词 乌塌菜 普通白菜 转录组测序 差异表达基因
年,卷(期) 2018,(12) 所属期刊栏目 研究论文
研究方向 页码范围 23-28
页数 6页 分类号
字数 4292字 语种 中文
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乌塌菜
普通白菜
转录组测序
差异表达基因
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中国蔬菜
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大16开
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1981
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