转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因

• 作者: 方凌 江海坤 王明霞 王艳 田红梅 贾利
• 来源期刊: 中国蔬菜
• 关键词: 乌塌菜 普通白菜 转录组测序 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2018,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 23-28
• 页数: 6页
• 字数: 4292字
• 语种: 中文

摘要

乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征.采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53％ 以上.将测序数据进行de novo拼接后得到127988条转录本和46950条unigene,平均长度分别为1327.71 bp和856.26 bp.以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1296个差异表达基因.对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1156个差异表达基因被注释,其中1150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路.