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转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
作者:
方凌
江海坤
王明霞
王艳
田红梅
贾利
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
乌塌菜
普通白菜
转录组测序
差异表达基因
摘要:
乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征.采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53% 以上.将测序数据进行de novo拼接后得到127988条转录本和46950条unigene,平均长度分别为1327.71 bp和856.26 bp.以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1296个差异表达基因.对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1156个差异表达基因被注释,其中1150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路.
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文献信息
篇名
转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因
来源期刊
中国蔬菜
学科
关键词
乌塌菜
普通白菜
转录组测序
差异表达基因
年,卷(期)
2018,(12)
所属期刊栏目
研究论文
研究方向
页码范围
23-28
页数
6页
分类号
字数
4292字
语种
中文
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研究来源
研究分支
研究去脉
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相关学者/机构
期刊影响力
中国蔬菜
主办单位:
中国农业科学院蔬菜茶卉所
出版周期:
月刊
ISSN:
1000-6346
CN:
11-2326/S
开本:
大16开
出版地:
北京市中关村南大街12号
邮发代号:
82-131
创刊时间:
1981
语种:
chi
出版文献量(篇)
7962
总下载数(次)
6
总被引数(次)
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