兰科植物FNR基因的密码子偏好性分析

• 作者: 徐涵 李蓉 林玉玲 王雪晶 苏立遥 谢析颖 赖钟雄 郭容芳 陈裕坤
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 兰科 FNR基因 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 1137-1145
• 页数: 9页
• 分类号: S682.31
• 字数: 5818字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2018.06.015

摘要

为揭示兰科植物FNR基因的特性和密码子偏好性,采用DNAMAN、CodonW和SPSS软件及EMBOSS、SWISS-MODEL在线网站对17种兰科植物的FNR基因序列、氨基酸序列、同源区域及蛋白质三维结构进行分析.结果表明:兰科植物FNR基因普遍具有在A/T(U)与G/C之间较弱的密码子偏好性;密码子的末位在A和T(U)之间存在显著的T(U)偏好性,在C和G之间存在显著的C偏好性;NADP结合域比非结合域有较小的密码子偏好性;基于CDS和氨基酸聚类结果比基于RSCU聚类更接近于植物的进化分类;自然选择的作用是导致兰科植物FNR基因的密码子使用偏好性的主要成因.