利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)的方法挖掘番茄果实成熟相关的转录因子

• 作者: 曹东艳 朱本忠 梁岩 田慧琴 罗云波 鞠正
• 来源期刊: 中国食品学报
• 关键词: 加权基因共表达网络分析 番茄 果实成熟 转录因子
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 分析与检测
• 页码范围: 240-248
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.16429/j.1009-7848.2018.06.031

摘要

为挖掘番茄果实成熟相关的转录因子,利用10个不同番茄组织RNA-Seq数据,通过加权基因共表达网络分析的方法构建网络.进一步将该网络划分为24个模块,并寻找到8个组织中共16个组织特异性模块.通过对3个番茄破色10d的果实组织特异性模块分析,发现这些模块中含有大量果实品质形成所需的糖、脂、蛋白等相关的代谢过程,并存在类萝卜素合成、果实软化、芳香物质合成以及乙烯生物合成和信号转导所需的关键基因.此结果验证了网络和组织特异性模块的可靠性.通过对棕色模块中转录因子分析,发现在该模块中存在MADS-RIN、AP2a、FUL1 (TDR4)、CNR、NAC4、ERF6、NAC-NOR等果实成熟相关的转录因子,以及大量MADS-RIN转录因子直接作用的靶基因.由此推断棕色模块中其它58个转录因子是潜在的果实成熟转录因子.此结果为番茄果实成熟机制的研究提供新思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	罗云波	中国农业大学食品科学与营养工程学院	257	3241	29.0	44.0
2	朱本忠	中国农业大学食品科学与营养工程学院	73	593	14.0	20.0
3	田慧琴	中国农业大学食品科学与营养工程学院	34	320	10.0	17.0
4	曹东艳	中国农业大学食品科学与营养工程学院	5	18	2.0	4.0
5	鞠正	中国农业大学食品科学与营养工程学院	4	10	2.0	3.0
6	梁岩	中国农业大学食品科学与营养工程学院	1	6	1.0	1.0