西瓜CIPK家族基因的鉴定与特征分析

• 作者: 吕慧玲 张辰 朱子成 林凡 栾非时 韩前坤
• 来源期刊: 北方园艺
• 学科: 农学
• 关键词: 西瓜 CIPK家族基因 序列特征 进化分析
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1-7
• 页数: 7页
• 分类号: S651.603
• 语种: 中文
• DOI: 10.11937/bfyy.20174641

摘要

CIPK(Calcineurin B-like-interacting protein kinase)是一类植物中十分重要的蛋白激酶,主要参与植物的生长发育和抗逆过程.为了揭示CIPK基因家族在西瓜生长发育与抗逆防御机制中的重要作用,该研究基于西瓜基因组数据库,利用生物信息学手段,鉴定并分析了西瓜CIPK家族基因的基因结构、染色体定位、系统发育和氨基酸理化性质等特征.结果表明:西瓜中有19个CIPK家族成员,分别分布于1～6、8,10号的染色体上,编码氨基酸序列长度为330～565bp,其中18个ClCIPK氨基酸序列含NAF功能域,仅有1个CIPK(ClCIPK9)基因不含有此结构;CIPK基因家族成员的基因结构大致分为内含子富集和内含子缺失2类;进化树聚类分析结果将所有的西瓜及拟南芥CIPK蛋白分为5类,在每一类中都包含西瓜和拟南芥的CIPK家族成员,说明它们具有很高的同源性,并推测它们可能参与了西瓜的多种生物学过程.该研究结果以期为ClCIPK基因在西瓜育种中的功能研究与应用提供重要的理论基础.