基于HRM技术的大白菜InDel标记高效检测技术构建及其应用

• 作者: 刘栓桃 司立英 张志刚 李巧云 王立华 王荣花 赵智中
• 来源期刊: 山东农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大白菜 插入/缺失标记 高分辨率熔解曲线分析 高效检测技术
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 加工贮藏·分析检测
• 页码范围: 128-133
• 页数: 6页
• 分类号: S634.1
• 字数: 3595字
• 语种: 中文
• DOI: 10.14083/j.issn.1001-4942.2018.10.027

摘要

高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)分析技术是基于核酸小片段之间的GC含量差异而导致双链核酸解链温度差异的一门检测技术,更多地被用于特定类型的单碱基突变筛查,很少见用于插入/缺失突变的检测.本研究从前期鉴定的可以有效区分大白菜自交系He102与06-247的593对多态性InDel引物中筛选到271对特异性好、呈共显性分布的InDel引物,采用软件TMUtility_1.5预测了差异目标片段的熔解温度(Tm)值,发现63对标记的Tm差值满足HRM分型的灵敏度(差值绝对值≥0.2℃)要求,进一步采用梯度PCR技术对上述63对引物进行PCR扩增和HRM分型,从中鉴定出20对适宜进行HRM分型的InDel标记.构建了适宜LightScanner-96高分辨率熔解曲线分析仪分析的高效检测体系,并在大白菜种质基因型精准鉴定、杂交种纯度高效鉴定方面得到成功应用.本研究开发的适宜HRM分型的InDel标记还可以作为一种标记储备用于构建遗传连锁图谱和DNA指纹图谱、鉴定杂交种纯度和真实性、关联分析、分子标记辅助育种等.基于此构建的高通量检测方法也为其它动植物材料InDel标记的高通量检测和应用提供借鉴.