广西地不容SSR标记开发及遗传多样性研究

• 作者: 上官琰 康云 汪亚勤 谢晖 赵渤 黄建明
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 广西地不容 转录组 SSR 遗传多样性 多态性
• 年，卷（期）: 2018,（24）
• 页码范围: 5910-5915
• 页数: 6页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2018.24.026

摘要

目的 基于广西地不容转录组序列开发SSR引物,并用于该物种自然居群遗传多样性的研究.方法 从广西地不容转录组测序获得的unigene序列中挖掘SSR位点,采用Oligo 7.0软件设计引物,通过电泳法筛选得到多态性高的SSR引物用于遗传多样性研究.结果 从广西地不容转录组20 637条unigene序列中,搜索到6 833个SSR位点,出现频率为33.11％.基于转录组序列设计50对引物,筛选得到10对多态性高的引物.10对引物在5个居群63个样本中共扩增得到83个条带,有效条带百分率为100％,多态性信息量(PIC)为0.6889.在物种水平和居群水平上,Nei基因多样性指数(H)分别为0.725 2和0.613 4,Shannon多样性指数(I)分别为1.576 6和1.220 3,观察杂合度(Ho)分别为0.584 5和0.558 4,期望杂合度(He)分别为0.731 2和0.643 5.居群的遗传分化系数(Fst)为0.146 5,基因流(Nm)为1.456 9.UPGMA聚类分析表明,5个居群可分为3支系.结论 开发的SSR标记适用于广西地不容的遗传多样性分析.广西地不容在物种和居群水平上均具较高的遗传多样性,遗传分化主要存在于居群内部.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢晖	复旦大学药学院	18	88	5.0	8.0
2	黄建明	复旦大学药学院	32	343	9.0	18.0
3	康云	复旦大学药学院	12	11	2.0	2.0
4	汪亚勤	复旦大学药学院	13	28	3.0	4.0
5	上官琰	复旦大学药学院	1	1	1.0	1.0