基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析

• 作者: 关浩勇 刘燕山 唐晟凯 张彤晴 李大命 潘建林 穆欢 黄越峰
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 湖鲚 遗传多样性 线粒体DNA Cytb基因 控制区序列
• 年，卷（期）: 2018,（20）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 36-39
• 页数: 4页
• 分类号: S917
• 字数: 3820字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2018.20.009

摘要

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性.结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性.40条Cytb基因序列检出14个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.762±0.067、0.00182±0.00028,平均碱基差异数为2.073;40条D-loop区序列检出54个变异位点,定义17个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.727±0.078、0.00610±0.00100,平均碱基差异数为7.378.13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001～0.004之间,17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001～0.018之间,邻接法(neighbour-joining method,简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支.Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajima's D和Fu's Fs结果产生的D和Fs值为负值,且Cytb基因的Fs值统计结果有极显著差异(P<0.01).同时,Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型,均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张.整体来看,洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征.