ITS2序列对牛樟等樟属植物鉴定评估及聚类分析研究

• 作者: 刘卓斌 刘宏源 张桂芳 李一凡 赖小平 钟志敏 闫小巧
• 来源期刊: 中药材
• 学科: 医学
• 关键词: 牛樟 樟属 总DNA提取方法 ITS2条形码 二级结构 鉴定效率评估 聚类分析
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 资源与鉴别
• 页码范围: 280-285
• 页数: 6页
• 分类号: R282.71
• 语种: 中文
• DOI: 10.13863/j.issn1001-4454.2018.02.008

摘要

目的:应用ITS2序列及其二级结构对牛樟等樟属植物进行鉴定效率评估及聚类分析研究,以期发现与牛樟亲缘关系较近的物种.方法:比较DNA提取试剂盒和改良CTAB法对牛樟等样品总DNA的提取效果;应用BioEdit v7.0.9.0与MEGA 6.0软件将以ITS2序列进行PCR扩增的目的序列与GenBank中同源性较高的同属序列构建系统进化树,并应用ITS2数据库网站预测其二级结构.结果:改良CTAB法提取的DNA纯度比试剂盒稍低,但浓度较高;针对本研究中16个樟属样品,ITS2对其鉴定成功率为62.5％;基于ITS2序列的种间亲缘关系中最接近牛樟的树种为细毛樟.结论:ITS2序列作为植物鉴定条形码之一,对樟属植物鉴别率略低,可见其通用性有待考证;在对于樟属植物的聚类分析研究中,ITS2序列可结合其二级结构构型,为樟属种间遗传关系和亲缘关系鉴定提供参考.