三峡库区消落带野生狗牙根对水淹适生性的转录组分析

• 作者: 刘仁华 吴巍 周大祥 李彦杰 杨俊年 蒋梦芸 郭世浩 高鑫
• 来源期刊: 生态学报
• 关键词: 三峡库区 消落带 狗牙根 水淹 转录组分析
• 年，卷（期）: 2018,（23）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 8434-8441
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.5846/stxb201712122233

摘要

为探究狗牙根对水淹环境的适生性机制,取长势一致的狗牙根分为未水淹对照组(A1)和30 cm沉水处理组(A2),A2水淹15d后两组同时采样,提取样本总RNA作转录组测序.A1和A2测序数据经de novo组装分别获得128031和83363条高质量Unigene;A1和A2对比发现28844条差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中11858条DEGs上调表达,16986条DEGs下调表达;功能注释显示,这些DEGs主要集中在转录、翻译、碳水化合物代谢和环境适应等途径;信号通路富集显示,包括植物对病原体的防御、物质代谢、光合作用、形态发育和抗氧化等过程的103个信号通路与狗牙根对水淹生境的适生性有关;随机挑选4个DEGs作qRT-PCR分析,荧光定量结果与测序数据基本一致,说明基于转录组分析DEGs的表达情况较为可靠.研究可为进一步挖掘与狗牙根水淹适生性相关的调控基因和功能基因提供基础.