脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究

• 作者: 席昆 张忠良 熊开欣 谭志杰 鲍磊
• 来源期刊: 物理学报
• 关键词: 脱氧核糖核酸 柔性 分子动力学模拟 力场
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 物理学交叉学科及有关科学技术领域
• 页码范围: 253-262
• 页数: 10页
• 语种: 中文

摘要

脱氧核糖核酸(DNA)的结构柔性对DNA生物功能的实现具有重要作用,全原子分子动力学模拟是一种研究DNA结构柔性的重要方法.DNA的分子动力学力场在Amber bsc0基础上有了进一步的发展,即Amber bsc1.本文采用基于最新bsc1力场和先前bsc0力场的分子动力学模拟对DNA的宏观柔性和微观柔性进行对比研究,发现力场的改进对DNA宏观柔性参量的预测有一定改善,即所预测的拉伸模量和扭转-伸缩耦合比与实验值更为接近,而弯曲持久长度和扭转持久长度两种力场结果皆与实验值一致.微观分析发现,除了滑移量稍变大,bsc1力场得到的微观结构参量如扭转角和倾斜角与实验值更为接近,且新力场下DNA宏观柔性的改善与DNA的微观结构参量及其涨落紧密相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谭志杰	武汉大学物理科学与技术学院	3	11	1.0	3.0
2	张忠良	武汉大学物理科学与技术学院	2	3	1.0	1.0
3	熊开欣	武汉大学物理科学与技术学院	1	1	1.0	1.0
4	席昆	武汉大学物理科学与技术学院	1	1	1.0	1.0
5	鲍磊	武汉大学物理科学与技术学院	1	1	1.0	1.0