大白菜PUP基因家族的生物信息学分析

• 作者: 刘振宁 庞文玉 王安 秦宁
• 来源期刊: 北方园艺
• 学科: 农学
• 关键词: 大白菜 嘌呤透性酶 基因家族 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（19）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 8-16
• 页数: 9页
• 分类号: S634.101
• 语种: 中文
• DOI: 10.11937/bfyy.20180615

摘要

为深入研究大白菜PUP基因家族的功能,采用生物信息学方法对大白菜基因组中PUP基因家族成员进行了鉴定,并对其基因组信息、蛋白生理生化特征、基因结构、保守结构域、系统进化树和表达模式等方面进行了研究.结果表明:在大白菜基因组中共鉴定出了24个PUP基因,可以聚类到3个分支,Clade Ⅰ、Clade Ⅱ和Clade Ⅲ;PUP基因在大白菜10条染色体上不均匀分布,而且存在明显的串联重复现象并在染色体上呈现5个串联重复基因簇,说明串联复制是PUP基因家族基因扩增的主要方式;对BrPUP蛋白氨基酸序列多重比对和蛋白跨膜域的分析表明BrPUP蛋白一般存在10个跨膜域,为典型的跨膜蛋白;通过MEME软件对BrPUP蛋白motif的预测还发现了10个比较保守的motif;最后利用Unigene数据库中的EST表达数据对BrPUPs的表达模式进行了初步研究.上述研究结果为大白菜PUP基因功能的研究奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘振宁	临沂大学农林科学学院	7	2	1.0	1.0
5	庞文玉	临沂大学农林科学学院	2	0	0.0	0.0
6	王安	临沂大学农林科学学院	3	2	1.0	1.0
7	秦宁	临沂大学农林科学学院	1	0	0.0	0.0