应用生物信息学技术筛选结直肠腺瘤相关基因

• 作者: 洪芬芬 许丰 陈林波
• 来源期刊: 浙江医学
• 关键词: 结直肠腺瘤 基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（14）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 1583-1588
• 页数: 6页
• 字数: 3866字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12056/j.issn.1006-2785.2018.40.14.2018-806

摘要

目的 应用生物信息学技术筛选结直肠腺瘤与正常结直肠黏膜组织的差异表达基因,寻找其中的关键基因并分析分子机制.方法 公共数据库Gene Expression Omnibus (GEO)下载基因芯片GSE8671,通过R语言软件筛选出差异表达基因,进一步对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析,并通过构建蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出关键基因.结果 共筛选出381个差异表达基因,其中结直肠腺瘤中上调的基因248个,下调的基因133个.GO功能富集分析显示差异表达基因主要与趋化因子激活、趋化因子受体结合、激素激活和生长因子激活有关,KEGG信号通路分析表明差异表达基因与趋化因子信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、细胞因子与受体相互作用和药物代谢有关.通过蛋白质-蛋白质相互作用网络共筛选出IL-8、CXCL1、CXCL12、CXCL13、CXCL11、CXCL2、CCL19、CCL20、PPBP、PF-4等10个关键基因.结论 应用生物信息学技术分析筛选结直肠腺瘤基因有助于进一步探讨结直肠腺瘤和腺癌发病的分子机制,为两者的早期诊治提供理论依据.