茜草转录组分析及其蒽醌类化合物合成相关基因的挖掘

• 作者: 孙涛 张岗 彭亮 曹福麟 李洁 杨冰月 王媚 罗露 胡本祥 颜永刚
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 茜草 转录组 高通量测序 蒽醌类化合物 次生代谢途径
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 1890-1896
• 页数: 7页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2018.08.024

摘要

目的 获得茜草Rubia cordifolia转录组学信息及挖掘其蒽醌类化合物生物合成的关键酶基因,为茜草的功能基因克隆与分析提供参考.方法 采用Illunima HiseqTM 2000 150PE高通量测序技术对茜草进行转录组测序,使用Trinity软件完成Unigene的de novo拼接,基于BLAST实现Unigene的分类、功能注释、代谢通路分析和蛋白功能注释等.结果 最终获得7.3 Gb数据,通过de novo拼接注释得到Unigene 66 646条,平均长度为l 424 bp,所有Unigene能被NCBI nonredundant protein sequences (NR)、NCBI nucleotide sequences (NT)、kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG)、Amanually annotated and reviewed protein sequence database (Swissprot)、gene ontology (GO)、euKaryotic ortholog groups (KOG)和protein family (Pfam)数据库所注释,注释成功率100％,找到与茜草蒽醌类化合物生物合成相关的基因64条.结论 首次对茜草转录组进行了分析,并获得了茜草蒽醌类化合物生物合成相关的候选基因,为茜草的分子生物学研究提供了丰富的数据资源,也为后期开展茜草蒽醌类化合物次生代谢途径解析奠定了基础.