哈茨木霉Tr1菌株分泌蛋白及Peptaibols合成酶的生物信息学分析

• 作者: 叶红 张爽 戴陈伟 李静 童琳 蔡标 许勇
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 哈茨木霉 分泌蛋白 生物信息学 信号肽 Peptaibols合成酶
• 年，卷（期）: 2018,（23）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 46-52
• 页数: 7页
• 分类号: S763.306.4
• 字数: 3995字
• 语种: 中文

摘要

研究旨在应用生物信息学方法分析生防菌哈茨木霉的分泌蛋白及Peptaibols合成酶.本研究以哈茨木霉Tr1菌株的11264条假定蛋白质序列为对象,利用SignalP、Protparam和Swissmodel等生物信息学工具预测出分泌蛋白,分析其信号肽特征,从中筛选可能与其生防机制有直接联系的分泌蛋白和Peptaibols合成酶,并对这些蛋白质的性质和结构功能进行分析.结果表明:哈茨木霉Tr1菌株合有403个分泌蛋白,其中假定蛋白质PNP53160和PNP56908可能起到纤维素酶和几丁质酶的作用.分泌蛋白的信号肽的中间区域富合亮氨酸和丙氨酸,C端属于A-X-A类型.假定蛋白PNP58822中的16862～20750aa片段可能起到Peptaibols合成酶作用,该蛋白主要包括了乙酰辅酶A合成酶Ⅰ、TaqA的CT结构域和脂肽合成酶亚基Ⅲ等功能区域.本研究应用生物信息学方法分析了403个分泌蛋白及其信号肽特征,筛选出了可能与哈茨木霉生防机制相关的蛋白质,并预测了其性质、结构和功能,为进一步研究哈茨木霉的生防机制提供理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡标		42	131	5.0	10.0
2	叶红		16	42	2.0	6.0
3	张爽		10	4	1.0	1.0
4	许勇		19	45	2.0	6.0
5	童琳		25	19	3.0	3.0
6	戴陈伟		31	21	3.0	3.0
7	李静		8	3	1.0	1.0