科尔希小麦叶绿体全基因组的测序及其特征分析

• 作者: 孙旭明 张礼宁 王彤 聂小军 郑玮华 陈川
• 来源期刊: 计算生物学
• 学科: 农学
• 关键词: 科尔希小麦 叶绿体 系统进化 RNA编辑
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 页码范围: 22-31
• 页数: 10页
• 分类号: S5

摘要

科尔希小麦(Triticum paleocolchicum Men.)是一种特殊类型的四倍体小麦,作为小麦的原始类型,在普通六倍体小麦的起源、进化以及遗传改良中具有重要地位。目前,有关科尔希小麦的基因组信息及序列资源相当有限。为了丰富科尔希小麦的分子遗传信息,本研究利用Illumina Novaseq平台对科尔希小麦基因组DNA进行了测序,然后以中国春叶绿体基因组为参考,组装获得了科尔希小麦的叶绿体基因组全长序列。特征分析发现,科尔希小麦叶绿体基因组全长为136,445 bp,具有典型的高等植物叶绿体基因组环状四分体结构,由一个长度分别为79,993 bp的长单拷贝区(Large single copy, LSC)、一个12,832 bp的短单拷贝区(small single copy, SSC)和一对21,815 bp的反向重复序列(Inverted repeat, IR)构成;基因注释发现其编码了109个非冗余基因,包括76个蛋白编码基因,29个tRNA基因以及4个rRNA基因,其中19个位于IR区而具有两个拷贝;这些基因中,有16个基因具有内含子,其中ycf3含有2个内含子;进一步,对其RNA编辑位点进行了预测,发现15个基因存在RNA编辑,共预测到了35个RNA编辑位点,这些特征与其他小麦属物种的叶绿体基因组类似。最后,基于叶绿体全基因组序列构建了进化树,发现科尔希小麦与所有AABB型的小麦聚为一类,而AAGG型的提莫菲维小麦为单独一类,这与他们的亲缘关系一致。本研究丰富了科尔希小麦的序列资源,为其分子鉴定、标记开发以及系统发育的研究提供了重要数据。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈川	西北农林科技大学农学院	5	41	4.0	5.0
2	聂小军	西北农林科技大学农学院	14	81	6.0	8.0
3	王彤	西北农林科技大学农学院	2	0	0.0	0.0
4	孙旭明	西北农林科技大学农学院	1	0	0.0	0.0
5	张礼宁	西北农林科技大学农学院	1	0	0.0	0.0
6	郑玮华	西北农林科技大学农学院	1	0	0.0	0.0