四倍体棉花GAE基因家族的鉴定及其在棉纤维发育中的表达分析

• 作者: 刘正文 张松雨 张艳 杨君 王敬敬 王省芬 马峙英
• 来源期刊: 棉花学报
• 关键词: 陆地棉 海岛棉 葡糖醛酸异构酶 生物信息学 纤维发育 基因表达
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 169-181
• 页数: 13页
• 字数: 6566字
• 语种: 中文

摘要

[目的]通过对陆地棉及海岛棉GAE基因家族进行全基因组分析,为深入研究GAE基因家族在棉纤维发育中的功能提供理论依据.[方法]利用生物信息学分析软件,对GAE基因家族进行全基因组鉴定,根据转录组数据分析在纤维发育过程中的表达规律.[结果]陆地棉GhGAE家族包含21个成员,海岛棉GbGAE家族有22个成员,分为3个亚组,多数GhGAEs和GbGAEs基因没有内含子,共分布在12条染色体上.GAE氨基酸序列保守基序有4个,保守性较强,且GAE蛋白均定位于高尔基体膜.根据GAEs在陆地棉、海岛棉纤维发育不同时期的表达变化,将其分为纤维起始期高表达、纤维伸长期高表达、次生壁增厚期高表达、全时期低表达4类模式.其中GhGAE01、GhGAE02、GhGAE11、GhGAE12在陆地棉中高水平表达,GbGAE01、GbGAE02、GbGAE11、GbGAE12在海岛棉中高水平表达,推测这些基因可能在纤维发育过程中发挥着重要作用.[结论]上述结果为研究GAE基因家族在棉纤维发育中的功能提供了参考依据.