水稻OsHDT703基因的可变剪接体分析

• 作者: 张焕 李绍波 欧阳解秀 王鑫 邹志明 邹海霞
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 水稻 组蛋白去乙酰化酶(HDAC) HD2蛋白家族 可变剪接 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 9-15
• 页数: 7页
• 分类号: S511.03
• 字数: 3657字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.201751587

摘要

为了克隆水稻HD2蛋白基因OsHDT703,并分析其存在的可变剪接体.利用生物信息学分析,结合RT-PCR、TA克隆和测序等方法,鉴定1个水稻中全新的HD2蛋白成员(OsHDT703).结构域分析发现,在其N端含有HD2家族的NPL保守结构域.选取来源于7个物种的16个HD2蛋白,构建蛋白进化树,结果发现,OsHDT703蛋白与OsHDT702蛋白处于同一分支;OsHDT701则处于另一分支,说明水稻中HD2家族蛋白可能存在功能分化.根据预测的不同剪接体设计4对特异性引物,以粳稻中花11叶片和幼穗cDNA为模板,利用RT-PCR扩增,结合TA克隆,通过测序比对,成功鉴定到4种不同可变剪接体序列.由于3号(OsHDT703.3)和4号(OsHDT703.4)剪接体的CDS序列完全相同,所以证明OsHDT703至少存在4种不同可变剪接体.综上所述,鉴定到水稻中1个全新的HD2蛋白,命名为OsHDT703,并且鉴定出至少4种存在可变剪接体,为后续深入研究该基因生物学功能奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李绍波	南昌大学生命科学学院	26	83	5.0	9.0
2	欧阳解秀	南昌大学生命科学学院	18	35	4.0	5.0
3	邹海霞	南昌大学生命科学学院	2	0	0.0	0.0
4	王鑫	南昌大学生命科学学院	17	22	2.0	4.0
5	张焕	南昌大学生命科学学院	2	0	0.0	0.0
6	邹志明	南昌大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0